Родился в Ленинграде. В 1973 году окончил школу №27 с углубленным преподаванием истории и литературы при Ленинградском государственном университете, где слушал лекции ведущих профессоров филологического факультета ЛГУ, и поступил на русское отделение Университета. В студенческие годы занимался русской литературой ХVIII-ХIХ веков в семинарах Г.А. Бялого, А.Б. Муратова и И.З. Сермана; дипломное сочинение написал под руководством И.Г. Ямпольского. Особое влияние на формирование научных интересов П.Е. Бухаркина оказали Д.Е. Максимов и А.В. Чичерин, которых он считает своими главными учителями. В студенческие годы были опубликованы его первые статьи. В 1978-1981 гг. П.Е. Бухаркин обучался в аспирантуре у Г.П. Макогоненко на кафедре истории русской литературы филологического факультета ЛГУ, после окончания которой начал преподавать. В 1982 году защитил кандидатскую диссертацию, а в 1997 году – докторскую . В 1998 году избран профессором по кафедре истории русской литературы. С 1999 г. преподает в Санкт-Петербургской духовной академии и семинарии. С 2022 г. является штатным сотрудником Института лингвистических исследований.

Работу на филологическом факультете СПбГУ П.Е. Бухаркин совмещает с преподаванием в других вузах Санкт-Петербурга и других городов России; как приглашенный доцент работал в Университете города Ростока (Германия, 1986-1988 гг.), как приглашенный профессор – в Университете Георга-Августа (Геттинген, Германия, 1994 г.) и в Канзасском университете в качестве стипендиата Фулбрайта (Лоуренс, США, 2001-2002 гг.). Неоднократно выступал с докладами в университетах и научных центрах России, Украины, Германии, США, участвовал в организации международных конференций и научных программ. Активно сотрудничает с Отделом XVIII века Института Русской Литературы (Пушкинский Дом) РАН.

Является членом редакционной коллегии нескольких русских и украинских периодических сборников, под его редакцией было опубликовано 4 сборника научных работ, две монографии, а также материалы ряда научных конференций. П.Е. Бухаркин являлся одним из руководителей отраслевого раздела «Литература» «Российского гуманитарного энциклопедического словаря», (т. 1-3, М.-СПб, 2002 г.) и главным редактором энциклопедии «Осьмнадцатое столетие» (кн. 1-2, СПб, 2001 г.), представляющей собою первую часть энциклопедического издания «Три века Санкт-Петербурга».