Специалист в области диалектологии, этимологии, лексикографии, лингвогеографии, финно-угроведения, автор свыше 300 научных работ.

Основные научные результаты Мызникова С.А.: в области диалектной лексикографии – завершается создание сводного словаря русских народных говоров; в сфере этимологии – на основе анализа неисконной лексики, с привлечением методов ареальной верификации и полном  лингвогеографическом обследовании региона выявлены типы финно-угорского субстрата на Северо-Западе РФ; в области лингвогеографии – создан «Атлас субстратной и заимствованной лексики Русских говоров Северо-Запада»; в сфере финно-угроведения – предложены комплексные методы решения проблем этимологии пермских и прибалтийско-финских языков, участие в реализации лингвогеографического описания вепсского языка.

Мызников С.А. ведет также преподавательскую работу, является заведующим кафедрой уральских языков, фольклора и литературы РГПУ им. А.И. Герцена.

Является  руководителем научной школы по лексикографии, лексикологии и лингвогеографии, включенной в реестр ведущих научных и научно-педагогических школ Санкт-Петербурга; председателем комиссии лингвоэтногеографии Русского географического общества; соруководителем Комиссии РАН по лексикологии и лексикографии.

Является членом диссертационного совета Д 002.006.01 при Институте языкознания РАН (г. Москва) по специальности 10.02.02 – языки народов Российской Федерации.

Является основателем серии «Памятники русского диалектного слова», под научным руководством которого были подготовлены к печати и изданы четыре словаря.

Является экспертом РАН. Зарегистрирован  в реестре экспертов научно-технической сферы.