Я.Э.Ахапкина родилась в 1976 г. в Ленинграде. В 1998 г. окончила филологический факультет Санкт-Петербургского государственного университета (основная специализация - "история русской литературы", дополнительная специализация - "общее языкознание").

В ноябре 1998 г. поступила в аспирантуру в отдел теории грамматики Института лингвистических исследований РАН. Тема диссертации - "Семантика времени в поэтическом тексте (на материале поэзии акмеистов)", специальность - 10.02.01 "русский язык", научный руководитель - член-корр. РАН А. В. Бондарко.

С 1 января 1998 г. преподавала русский язык, стиховедение и древнерусскую литературу в Академической гимназии Санкт-Петербургского государственного университета.

С 5 мая 1999 г. работала в отделе теории грамматики Института лингвистических исследований РАН.

Принимала участие в 16 научных конференциях, автор 10 публикаций, посвященных языковому строю русской трагедии XVIII в., грамматике русской оды, языку русской поэзии XX века, грамматике художественного текста, преподаванию русского языка и литературы.

Область научных интересов: грамматическая семантика, грамматика поэзии, стилистика, психология детского творчества.